Pracownia Genetyczna
Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Medycznej
Wydział Lekarski
O NAS
Pracownia Diagnostyki Cytogenetycznej i Molekularnej przez ponad 25 lat wykonywała na rzecz publicznych i niepublicznych zakładów opieki zdrowotnej, szpitali, prywatnych gabinetów lekarskich, osób fizycznych oraz wielu jednostek wewnętrznych Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego badania cytogenetyczne oraz molekularne, zarówno nowotworowe jak i nienowotworowe. Ponadto w 2012 roku została wpisana na listę laboratoriów medycznych Krajowej Izby Diagnostów Laboratoryjnych. Badania wykonywane przez wykwalifikowaną kadrę służyły głównie profilaktyce, zachowaniu, przywracaniu oraz poprawie zdrowia.
Po wielu latach działalności usługowej w służbie zdrowia Pracowania Diagnostyki Cytogenetycznej i Molekularnej w ramach programu „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza” prowadzonemu przez Gdański Uniwersytet Medyczny rozszerza swoją działalność, tworząc Pracownię Genetyczną. W tym miejscu doświadczeni diagności będą mogli poświęcić się działalności naukowej oraz służyć pomocą w prowadzeniu analiz molekularnych.
NASZ POTENCJAŁ
1. Ultrasonifikator do fragmentacji DNA, Covaris M220
2. Automatyczny system do izolacji kwasów nukleinowych, Maxwell CSC (Clinical Sample Concentrator) sprzężony z zewnętrzną stacją sterującą (laptop z kompatybilnym systemem operacyjnym do oprogramowania sterującego)
3. Sekwentator genomowy, MiSeq
fot. dr Monika Żuk/GUMed
Ultrasonifikator do fragmentacji DNA, Covaris M220 stworzono z myślą o przygotowywaniu prób do Sekwencjonowania Nowej Generacji (NGS) oraz umożliwieniu generowania fragmentów DNA o długości 150 – 5000 pz. Urządzenie działa z protokołami fragmentacji DNA w oparciu o oprogramowanie Covaris SonoLab, które zapewnia wewnętrzną kontrolę jakości oraz wykorzystuje akcesoria Convaris microTUBE i miniTUBE. Ponadto urządzenie posiada wbudowany system kontroli temperatur, dzięki czemu nie wymaga zewnętrznego systemu chłodzenia. Proces fragmentacji DNA oparty jest na opatentowanej technologii AFA (Adaptive Focused Acoustics®). Technologia zastosowana w ultrasonifikatorze pozwala na ukierunkowanie skoncentrowanej energii na określoną objętość próbki w zakresie 50-130 µl. Urządzenie sprzężone jest ze stacją sterującą dzięki, której możliwe jest sterowanie protokołami tworzenia fragmentów DNA w zakresie 150 – 5000 pz, generowanie dowolnych protokołów tworzenia fragmentów DNA oraz monitorowanie przebiegu procesu w czasie rzeczywistym. Aparat umożliwia fragmentacje chromatyny o niskiej masie, z jednoczesnym wysokim odzyskiem epitopów. Ogromną zaletą urządzenia jest fakt, iż przy jego użyciu można otrzymać precyzyjne i znormalizowane wyniki. Aparat jest kalibrowany względem standardu NIST.
Dzięki zastosowaniu ultrasonifikatora do fragmentacji DNA zespół badawczy wykonuje:
- Przygotowanie prób do sekwencjonowania kolejnej generacji (NGS)
- Fragmentację chromatyny o niskiej masie
Automatyczny system do izolacji kwasów nukleinowych, Maxwell CSC (Clinical Sample Concentrator) zaprojektowano specjalnie do analiz in vitro w diagnostyce molekularnej, urządzenie zostało wyprodukowane zgodnie z wytycznymi GMP oraz gwarantuje powtarzalne wyniki przy użyciu zestawów z certyfikatem CE IVD. Automatyczny system do izolacji kwasów nukleinowych pozwala na dwojakie jego wykorzystanie, mianowicie może być wykorzystywany jako:
Automatyczny system do izolacji kwasów nukleinowych pozwala na dwojakie jego wykorzystanie, mianowicie może być wykorzystywany jako:
- Izolacji kwasów nukleinowych z krwi obwodowej
- Izolacji kwasów nukleinowych z tkanek utrwalonych w formalinie, zatopionych w parafinie (FFPET)
- Izolacji kwasów nukleinowych z osocza krwi obwodowej
- Izolacji kwasów nukleinowych z homogenizatu tkankowego
- Izolacji kwasów nukleinowych z próbek wymazowych
Technika izolacji bazuje na odziaływaniu mikrocząsteczek magnetycznych z DNA/RNA, przy czym transport kulek w obrębie kartridża jest jednokierunkowy i odbywa się bez transferu cieczy. Wyizolowany materiał może być wykorzystany do dalszych analiz molekularnych. Możliwość izolacji co najmniej 16 próbek kwasów nukleinowych w czasie 20-60 min. System sprzężony jest z zestawami dedykowanych odczynników (izolacja DNA/RNA w trybie IVD lub RUO). Protokół izolacji uruchomiany jest poprzez zeskanowanie kodu kreskowego zestawu dedykowanych odczynników. Istnieje możliwość ustalenia różnych objętości elucji dla poszczególnych próbek. System kontrolowany jest za pomocą graficznego interfejsu działającego na tablecie, a urządzenie zaopatrzone jest w dedykowane oprogramowanie sterujące z wstępnie zaprogramowanymi protokołami IVD oraz RUO. Możliwe jest generowanie dowolnych protokołów izolacji, a po wykonaniu badań umożliwia generowanie raportów.
Sekwentator genomowy, MiSeq to system wykorzystujący technologię SBS (sequencing by sythesis), integrujący etapy amplifikacji, sekwencjonowania oraz analizy danych w jednym urządzeniu. Aparat wykonuje odczyt do 2×300 bp oraz generuje do 15 Gb danych w trakcie jednego cyklu pracy. Prostota obsługi, wysoka dokładność odczytów oraz niska cena czynią tę platformę idealnym urządzeniem do szybkiej i ekonomicznej analizy genetycznej.
Sekwentator genomowy, MiSeq umożliwia wykonanie:
- Sekwencjonowania małych genomów (bakterie, drożdże, wirusy) lub plazmidów
- Sekwencjonowania amplikonów
- Sekwencjonowania małych RNA oraz transkryptomów bakteryjnych
- Sekwencjonowania fragmentu kodującego 16S rRNA lub fragmentów ITS z puli DNA środowiskowego (metagenomika), umożliwiając oznaczanie składu populacji
- Analizy HLA
Uzyskane dane mogą być przetworzone lokalnie na wbudowanym komputerze, bądź eksportowane i poddane dalszej analizie za pomocą programu BaseSpace.
ZAKRES USŁUG
- Prowadzenie krótkotrwałych hodowli komórkowych wyprowadzanych z limfocytów, aminocytów, komórek szpiku oraz komórek z tkanek nowotworowych, jak i innych komórek ludzkich
- Diagnostyka chromosomów metafazalnych barwionych techniką GTW
- Diagnostyka wybranych abberacji / rearanżacji chromosomowych z wykorzystaniem techniki FISH zarówno na metafazach jak i w jądrach interfazalnych, na materiale z hodowli komórkowej oraz w tkankach FFPE
- Diagnostyka niezrównoważeń genomu z wykorzystaniem techniki mikromacierzy (aCGH)
- Izolacja kwasów nukleinowych z różnego rodzaju materiału biologicznego
- Przeprowadzenie badań molekularnych z wykorzystaniem technik biologii molekularnej tj. Sekwencjonowania Następnej Generacji (NGS) i sekwencjonowania bezpośredniego metodą Sangera, MLPA, qPCR, HRM.
ZESPÓŁ BADAWCZY
W skład zespołu badawczego wchodzą doświadczeni diagności, również ze specjalnością laboratoryjną z genetyki medycznej:
- prof. dr hab. Bartosz Wasąg
- dr hab. Magdalena Ratajska
- dr Alina Kuźniacka
- dr Monika Żuk
- mgr Monika Targońska
- mgr Katarzyna Wojciechowska
PUBLIKACJE
Na podstawie wyników badań uzyskanych dzięki wykorzystaniu wiedzy, doświadczenia naukowców z Katedry i Zakładu Biologii i Genetyki Medycznej oraz posiadanej aparaturze powstały między innymi poniższe publikacje:
ALK alterations in salivary gland carcinomas. Majewska H, Gorczyński A Czapiewski P, Menon R, Mueller J, Lakis S, Heuckmann JM, Loco J, Gupta R, Andreasen S, Stodulski D, lliszko M, Dziadziuszko R, Jassem J, Heukamp LC, Biernat W. Virchows Arch. 2020 Nov 25. doi: 10.1007 / s00428-020-02971
Expression of Female Sex Hormone Receptors, Connective Tissue Growth Factor and HER2 in Gallbladder Cancer. Hryciuk B, Pęksa R. Bieńkowski M, Szymanowski B, Radecka B, Winnik K, Żok J, Cichowska N, lliszko M , Duchnowska R. Sci Rep. 2020 Feb 5;10(1 ):1871. doi: 10.1038/s41598-020-58777-y
MAML2 rearrangement as a useful diagnostic marker discriminating between Warthin tumour and Warthin-like mucoepidermoid carcinoma. Bieńkowski M, Kunc M, lliszko M, Kuźniacka A Studniarek M, Biernat W. Virchows Arch. 2020 Sep;477(3):393-400. doi: l 0.1007 /s00428-020-02798-5
Colorectal Adenocarcinomas Harboring ALK Fusion Genes: A Clinicopathologic and Molecular Genetic Study of 12 Cases and Review of the Literature. Lasota J, Chłopek M, Wasąg B, Kowalik A, Christiansen J, Lamoureux J, Kuźniacka A, Felisiak-Gołąbek A, Liu Y, Reyes TAR, Saha R, Agaimy A, Behenska K, Biernat W, Cattaneo L, Centonze G, Daum O, Daumova M, Domagała P,Dziuba I, Geppert CE, Góźdź S, Nasierowska-Guttmejer A, Hałoń A, Hartmann A lnaguma S, lżycka-Świeszewska E, Kaczorowski M, Kołos M, Kopczyński J, Michal M, Milione M, Okoń K, Pęksa R, Pyzlak M, Ryś J, Waloszczyk P, Wejman J, Miettinen M. Am J Surg Pathol. 2020 Sep;44(9):1224-1234. doi: 10.1097/ PAS. 0000000000001 51 2
Genetic Mosaicism in a Group of Patients With Cornelia de Lange Syndrome. Krawczynska N, Wierzba J, Wasag B. Front Pediatr. 2019 May 15;7:203. doi: l 0.3389/fped.2019.00203.
New Approach to Paediatric Mastocytosis: Implications of KIT D816V Mutation Detection in Peripheral Blood. Czarny J, Żuk M, Zawrocki A, Plata-Nazar K, Biernat W, Niedoszytko M, Ługowska-Umer H, Nedoszytko B, Wasąg B, Nowicki RJ, Lange M. Acta Derm Venereol. 2020 May 28;100{10):adv00149. doi: 10.2340/00015555-3504
Afatinib in NSCLC With HER2 Mutations: Results of the Prospective, Open-Label Phase II NICHE Trial of European Thoracic Oncology Platform {ETOP). Dziadziuszko R, Smit EF, Dafni U, Wolf J, Wasąg B, Biernat W, Finn SP, Kammler R, Tsourti Z, Rabaglio M, Ruepp B, Roschitzki-Voser H, Stahel RA, Felip E, Peters S. J Thorac Oncol. 2019 Jun;l4{6):1086-1094. doi: 10.1016/j.jtho.2019.02.017.
Haplotypes of butyrylcholinesterase K-variant and their influence on the enzyme activity. Jasiecki J, Żuk M, Krawczyńska N, Jońca J, Szczoczarz A, Lewandowski K, Waleron K, Wasąg B. Chem Biol Interact. 2019 Jul 1; 307:1 54-1 57. doi: 10.101 6/ j.c b i.20 1 9.05.007. Epub 2019 May 6. PMID: 31071335
Synergy between the alteration in the N-terminal region of butyrylcholinesterase K variant and apolipoprotein E4 in late-onset Alzheimer’s disease. Jasiecki J, Limon-Sztencel A, Żuk M, Chmara M, Cysewski D, Limon J, Wasąg B. Sci Rep. 2019 Mar 26;9{1 ):5223. doi: 10.1038/s4 l 598-0l 9-4l 578-3. PMID: 30914707
CENNIK
Pracownia będzie wykonywać analizy zgodnie z indywidualnymi zleceniami z dostosowaniem do konkretnych potrzeb kontrahentów na zasadzie działalności usługowej, bądź współuczestnictwa w projekcie.
KONTAKT
dr Monika Żuk
Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Medycznej
Gdański Uniwersytet Medyczny
ul. Dębinki 1
80-211 Gdańsk
tel. 58 349 15 32
monika.zuk@gumed.edu.pl